Моя бактерия - Brachybacterium halotolerans subsp. Kimchi. В базе UniProt отсутствуют какие-либо записи о моей бактерии, поэтому я перешла к поиску среди всех представителей рода Brachybacterium. В расширенном поиске я ввела запрос (taxonomy_id:43668) AND (existence:1) и выбрала Гипоксантин-фосфорибозилтрансферазу из Brachybacterium faecium (strain ATCC 43885 / DSM 4810 / JCM 11609 / LMG 19847 / NBRC 14762 / NCIMB 9860 / 6-10), так как среди двух вариантов этот беок был наиболее аннотирован: 2/5.
Гипоксантин-фосфорибозилтрансфераза - белок, содержащийся в цитоплазме нововыбранной бактерии, является трансферазой, и катализирует 2 реакции:
1) diphosphate + GMP = 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate + guanine
2) diphosphate + IMP = 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate + hypoxanthine
Белок превращает гуанин в гуанозинмонофосфат, а гипоксантин - в инозинмонофосфат. Переносит 5-фосфорибозильную группу из 5-фосфорибозилпирофосфата на пурин. Играет центральную роль в образовании пуриновых нуклеотидов в рамках пути спасения пуринов.
В качестве кофактора выстапуют ионы магния Mg2+
По запросу (uniprot_id:C7MC15_BRAFD) в базе данных UniRef мною были найдены кластеры, самым большим из которых является UniRef50_A0A1A2GPK1 (второе место - UniRef90_A0A291GSK6, третье - UniRef100_C7MC15)
№1. Встречается ли такой белок у вирусов?
По результатам поиска (taxonomy_id:10239) AND (ec:2.4.2.8) нашлось 4 вируса, у которых присутсвует исследуемый белок: Terrestrivirus sp, Edafosvirus sp, Harvfovirus sp, Salmonella phage D1-2. Первые три имеют внутриклеточное расположение
*№2. А у человека??
Оказывается и у человека тоже :-^). По запросу (organism_id:9606) AND (ec:2.4.2.8) нашлось 4 результата.
№3. Кофактор у других бактерий
Я решила узнать, у каких еще белков во всем роде Brachybacterium кофактором также являются ионы магния. Для этого в расширенном поиске я ввела (taxonomy_id:43668) AND (cc_cofactor_chebi:Mg) и получила 2567 белков, но стоит помнить, что в качестве кофактора, помимо магния, могут выступать ионы и других металлов. Для того, чтобы найти белки, у которых кофактор - только ионы магния, нужно ввести в поиске (taxonomy_id:43668) AND (cc_cofactor_note:Mg) NOT (cc_cofactor_note:Zn) NOT (cc_cofactor_note:Mn) NOT (cc_cofactor_note:Mo) NOT (cc_cofactor_note:Cu) NOT (cc_cofactor_note:Ni) NOT (cc_cofactor_note:Fe). В результате нашлось 425 белка.
№4. Что там с прокариотами?
Белок-универсал, даже у них он есть. По запросу (taxonomy_id:2) AND (protein_name:"Hypoxanthine phosphoribosyltransferase") AND (structure_3d:true) получили 11 записей с выявленными 3D-структурами.