| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | (%) Identity | (%) Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L-arabinose isomerase | ARAA_ECOLI | ARAA_BACSU | 1432.5 | 52.6% | 71.4% | 4 | 3 |
| Putative regulator AbrB | ABRB_ECOLI | ABRB_BACSU | 5.0 | 0.5% | 0.9% | 420 | 10 |
| 3-dehydroquinate dehydratase | AROD_ECOLI | AROD_BACSU | 647.0 | 52.9% | 70.2% | 3 | 1 |
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков.
Рекомендованное полное имя для мнемоники ABRB приведено для кишечной палочки Escherichia coli (strain K12). Для сенной палочки Bacillus subtilis (strain 168) мнемоники соответствует название Transition state regulatory protein AbrB.
По результатам выравнивания белка Putative regulator AbrB (Transition state regulatory protein AbrB) число совпадающих и сходных групп близится к нулю, а также присутствует большое количество гэпов, что говорит о негомологичности белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | (%) Identity | (%) Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| L-arabinose isomerase | ARAA_ECOLI | ARAA_BACSU | 1434.5 | 52.9% | 71.9% | 4 | 3 | 99.0% | 98.99% |
| Putative regulator AbrB | ABRB_ECOLI | ABRB_BACSU | 27.0 | 36.4% | 81.8% | 0 | 0 | 3.16% | 11.34% |
| 3-dehydroquinate dehydratase | AROD_ECOLI | AROD_BACSU | 649.0 | 53.8% | 71.3% | 0 | 0 | 99.6% | 98.43% |
Таблица 2. Локальное выравнивание.
Рекомендованное полное имя для мнемоники ABRB приведено для кишечной палочки Escherichia coli (strain K12). Для сенной палочки Bacillus subtilis (strain 168) мнемоники соответствует название Transition state regulatory protein AbrB.
| Выравнивание | ID 1 | ID 2 | Score | (%) Identity | (%) Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Water | MURC_ECOLI | TOP3_BACSU | 56.5 | 20.4% | 35.0% | 86 | 16 | 52,55% | 33,56% |
| Needle | MURC_ECOLI | TOP3_BACSU | 50.0 | 12.4% | 20.3% | 480 | 36 | - | - |
Таблица 3. Характеристики глобального и локального выравниваний неродственных белков.
По результатам выравнивания можно сделать вывод, что исследуемые белки не являются гомологичными, так как присутсвует большое количество гэпов, а также низкий процент сходства и идентичности.
Для проведения множественного выравнивания была выбрана мнемоника ARAA, полное рекомендованное имя данного белка -L-arabinose isomerase. Всего таких белков нашлось 115. Мной были отобраны следующие белки:
ARAA_ECOLI из Escherichia coli (strain K12)
ARAA_BACSU из Bacillus subtilis (strain 168)
ARAA_SALTY из Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
ARAA_SHIFL из Shigella flexneri
ARAA_THEP1 из Thermotoga petrophila (strain ATCC BAA-488 / DSM 13995 / JCM 10881 / RKU-1)
ARAA_SHISS из Shigella sonnei (strain Ss046)
ARAA_LEPCP из Leptothrix cholodnii (strain ATCC 51168 / LMG 8142 / SP-6) (Leptothrix discophora (strain SP-6))
Выравнивание проводилось полностью в Jalview с использованием Fetch sequences и Muscle with Defaults. Также были раскрашены колонки выравнивания по проценту идентичности (Percentage Identity). Ссылка на проект в Jalview.