Для выполнения данного практикума была выбран род бактерий Bacillus. Поиск последовательностей на NCBI с помощью advanced search по запросу: (Bacillus[Organism]) AND chromosome[Title] AND RefSeq[Filter].
Было найдено 1970 записи, из которых были выбраны:
1. Bacillus velezensis strain A4; Accession: NZ_CP176038.1
2. Bacillus mycoides strain BPN51/1; Accession: NZ_CP036017.1
Параметры megablast и blastn были оставлены по умолчанию и получены следующие результаты:
Рис. 1. Выдача megablast.
Рис. 2. Выдача blastn.
Различие полученных результатов заключается в большом количестве точек на карте из blastn, которые соответствуют повторам в последовательностях.
Рис. 3. Сравнение геномов двух выбранных бактерий по карте локальных особенностей, выданной megablast.
Фиолетовыми точками на карте отмечен разрыв, который говорит, что в качестве начала для записи последовательности были выбраны разные точки на хромосомах, и мы видим два участка вместо одной прямой.
Все остальные участки, выделенные квадратиками - инсерции/делеции