Задание 1.

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК.

gatc-a.pdb gatc-b.pdb gatc-z.pdb

Задание 2.

Я сравнила сгенерированную структуру b-ДНК с экспериментально полученной и рассмотрела основание T11: в сторону большой бороздки обращены атомы - N3, C4, O4, C5, C6, C7; в сторону малой бороздки обращены атомы - N1, C2, O2.

Форма	Тип спирали	Шаг спирали (А)	Число оснований на виток	Ширина большой бороздки	Ширина малой бороздки
А	правая	28.1	11	17.0(А:G9-В:T35)	9.6(А:G5-В:G29)
В	правая	33.8	10	17.9(А:А6-В:Т31)	11.7(А:Т15-В:А30)
Z	левая	42.8	12	18.3(А:G11-В:G33)	7.2(А:C14-В:C24)

Задание 3.

Упражнение 2

В качестве необходимой тРНК была выбрана 3AKZ. Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA: find_pair и analyze.

файлик

Координаты стеблей:

1. Первый стебель образован 1-7 и 66-72 нуклеотидами.

2. Второй стебель: 8-12 и 61-65.

3. Третий стебель: 39-44 и 26-31.

4. Четвертый стебель: 10-13 и 22-25.

Канонические пары

Комплементарные пары, не имеющие отношения к стеблям, как дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 54U-58A, 36G-32C, 14A-8U, 15A-48U.

Неанонические пары

U-G(55-18)