Использование PyMol и ipython notebook на kodomo¶

Зайдите на kodomo, в Linux:

ssh -Y ivanov@kodomo.cmm.msu.ru

В Windows:

plink -ssh -X  ivanov@kodomo.cmm.msu.ru

Перейдите в рабочую директорию и запустите ipython notebook:
```
ipython notebook --no-browser
```
Вы увидете среди прочего надпись типа :
```
The IPython Notebook is running at: http://127.0.0.1:8888
```
Надо запомнить номер порта, в даном случае это 8888 и создать тоннель в новом окне в Linux:
```
ssh -L 8888:localhost:XXXX ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
```
В Windows:
```
plink -ssh -L  8888:localhost:XXXX ivanov@kodomo.cmm.msu.ru
```
Где ХХХХ это номер порта выведенный при запуске IPython Notebook
Запустите browser и введите адрес localhost:8888

from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys

# pymol launching
import __main__

__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

### Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]


import pymol
 
pymol.finish_launching()
 
from pymol import cmd

### Информацию об ошибках можно смотреть там где запускали  ipython notebook

### Будем вставлять файлы изображений 

from IPython.display import Image

cmd.delete('all')
cmd.fetch('1lmp')

## А можно не париться c cmd
cmd.do('''
bg_color white
remove solvent
extract ligands,het
as surface, 1lmp
set transparency,0.5
as sticks, ligands
show stick, byres(1lmp w. 4 of ligands)
center ligands
origin ligands
zoom ligands
dist hbo,1lmp,ligands,3.2,mode=2
ray
png pic1.png
''')

## Если не хотим указывать полный путь к файлу то:
Image(filename='pic1.png')

###.......¶

Использование PyMol и ipython notebook на kodomo¶

Profit!!¶