При использовании программы BLAST были указаны параметры - AC: P13650 и Database: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) Word size - 5, algorithm - blastp . Ссылка на текстовую выдачу ссылка. Программа BLAST нашла 7 гомологичных белков, каждый из которых я решил включить в выравнивание. Как можно заметитить у всех 7ми белков за небольшими исключениеми отчетливо видны одинаковые консервативные участки. выравнивание в Jalview.
Для этого задания был выбран полипротеин вируса африканского свинного гриппа AC:Q65179. Для выравнивания я выбрал цепь с 2 по 158 нуклеотид.Название зрелого белка - p15. Вырезал ее с помощью инструмента seqret, изменил ее название в файле и загрузил в BLAST с теми же параметрами как и в первом задании. Было найдено 4 практически идентичных белка.
ссылка на текстовую выдачу
выравнивание в Jalview
выравнивание зрелых белков p15 полипротеина
В параметры предыдущего поиска BLAST добавил ограничение организм(только вирусы). E value уменьшилось ровно на один порядок. Учитывая что запрос был абсолютно идентичен то подставив в отношение количество вирусных последовательностей ко всем последовательностям получим около 2%.
ссылка на текстовую выдачу.