Практикум 11
Описание выбранного семейства доменов
Из таблицы доменов Pfam я выбрал PF00034 Cytochrome c. Ниже можно видеть таблицу характеристик.
| AC pfam | ID pfam | #SEED | #All | #SW | #architectures | #3D | Taxonomy |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PF00034 | Cytochrom_C | 53 | 156k | 244 | 984 | 332 | 33k |
Функция домена
Основаная функция цитохрома С - перенос электроном между комлексами III и IV в дыхательной цепи митохондрий. Он принимает один электрон от III комплекса, восстанавливая гем, далее он перемещается по поверхности мембраны к IV комплексу (цитохром с-оксидаза) которы принимает электро у цитохрома и затем переносит на О2 с образованием Н2О в последствии. Помимо основной функции он так же инициирует апоптоз клеток при выходе в цитоплазму путем усиления спициализированных сигнальных путей.
3д струткура
Таксономия
Данный домен представлен у 33000 таксонов, 21300 из которых изображены на диаграмме ниже. Подавляющее большинство (17998) из этих таксонов представлены бактериями, эукариоты же представленны только 3194 таксонами. Однако это лишь отражает количество соотвествующих доменов в базе данных. Цитохром С является невероятно консервативным белком и присутсвует практически у всех эукариот.
Описание выравнивания доменов через seed
1.Максимальный блок достоаерного выравнивания включающий все последовательности 21-25. с абсолютно консервативными колонками(21, 24, 25).
2.При выравнивании по двум относительно консервативным колонкам 76 и 78, мне удалось найти группу из двух последовательностей с двумя достоверно консервативными блоками помимо общего для всех, 27-38, 111-125.
3.Участок 1-19 никак не отражает ход эволюции так как не содержит каких либо различимых блоков.
ссылка на проект JalView.
| Таблица 11-3 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | последовательностей - 49, колонок - 158 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 21-25 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 21, 24, 25 |
| "Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | 111-125 |
| Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их." | например блок 27-38 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 111, 113, 115, 116, 117, 120, 122, 124, 125 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 1-19 |
Карта локального сходства
Я выбрал белки со следующими доменными архитектурами: PF00116 - PF00034 (представленный Q98P34) и PF02790 - PF00116 - PF00034 (представленный Q03438)
| Таблица 11-5 | Информация |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF00116 - PF00034 |
| Белок с архитектурой 1 | Q98P34 |
| доменная архитектура 2 | PF02790 - PF00116 - PF00034 |
| Белок с архитектурой 2 | Q03438 |
Как можно заметить два общих домена успешно выровнялись, PF02790 же не вошел в выравнивание.
