Строение белка Complement factor D в комплексе с ингибитором.

Структура в целом

Данная молекула является белком в комлексе с ее ингибитором. Данный белок - Complement factor D, относится к трипсинам из семейства сериновых протеаз. Он состоит из одной полимерной цепи. Биологическая единица не отличается от ассимитрической. Ниже на рисунки можно увидеть общий ход остова белка.

Рис. 1 Общий вид белка

Отдельные цепи

Данный белок состоит из одной полимерной цепи. Этот белок является белком человека. Uniprot_id - P00746, название - Complement factor D. Фактор D расщепляет фактор B, когда последний образует комплекс с фактором C3b, активируя комплекс C3bbb, который затем становится конвертазой C3 альтернативного пути. Его функция гомологична функции C1 классического пути. Мутаций в сравнении с данными из uniprot нет. В составе цепи нет модифицированных аминокислотных остатков.

Рис. 2 Вторичные структуры в составе белка

Малые молекулы

Присутсвуют два типа малых молекул - вода(HOH) и лиганд, являющийся ингибитором данного белка(2~{S})-2-[[4-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]quinazolin-2-yl]amino]-3-methyl-butanoic acid. Данный лиганд на основе бензиламина связывается с карбоксилазой Asp189, тем самым замещая ионное взаимодействие Asp189-Arg218 и значительно изменяя конформацию самоингибирующей петли, что является перспективной мишенью в лечении нескольких аутоимунных заболеваний. Ниже на картинке видна данная микромолекула в коружении лигандов.

Координаты малых молекул :

E88

HOH

Рис. 3 Окружение лиганда E88

Практикум 4. Взаимодействие между аминокислотами.

Рис. 4 Водородные связи с атомами остова белка

Рис. 5 Водородные связи с боковыми радикалами белка

Рис. 6 Водородная связь между серином и тирозином

Рис. 7 Водородная связь между аргинином и глутамином

Рис. 8 Солевой мостик между глутамином и глутаминовой кислотой

Рис. 9 Дисульфидные связи

Рис. 10 Стекинг в данном белке отсутсвует

Практикум 5. Каталитический центр белка.

Айди фермента EC 3.4.21.46. Complement factor D осуществляет селективное расщепление связи Arg-|-Lys в Complement factor B в комплексе с complement subcomponent C3b или с cobra venom factor.

Рис. 11 Каталитический центр состоящий из гистидина аспарагина и серина.

Рис. 12 Аминокислотное окружение каталитического центра на расстоянии 5 ангстрем.

Рис. 13 Растояние от ингибитора до аминокислот каталитического центра