В поле "Taxonomy OC" расширенного поиска я ввел название искомой бактерии - "Acinetobacter calcoaceticus". Запрос автоматически преобразовался в (organism_id:471) и выдал список из 11114 белков. Я выбрал один из наиболее хорошо аннотированных белков с изученной в ходе криоэлектронной микроскопией структуры а так же содержащий качыественную аннотацию. Entry name - DHGB_ACICA. Название белка - Quinoprotein glucose dehydrogenase B.
На русский данный белок переводится как пирролохинолинхинон-содержащая глюкозодегидрогеназа B. Этот фермент относится к оксидоредуктазам воздействующим на CH-OH группу с участием пирролохинолинхинона как акцептора электронов. Имеет восьмилопастную структуру и участвует в окислении D-глюкозы до лактона а затем и до D-глюконата в периплазме. Так же способен окислять и другие моносахариды.
1.(ec:1.1.5.2). Я решил рассмотреть данный фермент получил 2360 совпадений, затем проверил есть ли у кого-то данный фермент помимо бактерий.
(ec:1.1.5.2) NOT (taxonomy_id:2). Oбнаружилось 80 совпадений, в основном это данные о ферменте археи Candidatus Methanoperedens nitroreducens а так же как часть метагенома самых различных выборок.
(ec:1.1.5.2) NOT (taxonomy_id:469). Затем я решил проверить есть ли данный фермент у кого-то помимо ацинетобактеров и получил 2280 различных результатов.
2.(taxonomy_id:471). Acinetobacter calcoaceticus имеет 21873 записи о белках.
(taxonomy_id:471) AND (ec:1.1.5).В выдаче было 29 записей о оксидордоредуктазах воздействующим на CH-OH с участием хинонов. и 24 из них не используют PQQ. Помимо этой молекулы в роли хинона в ферментах этого класса у данной бактерии выступают выступают a quinone и a quinol.
3.(ec:1.1.5.2) NOT (chebi:"CHEBI:18315"). Я решил проверить все ли ферменты данного класа используют PQQ в качестве акцептора электронов, В выдаче было 758 записей. Затем я отсеял предсказанные а не полученные в ходе эксперимента структуры (ec:1.1.5.2) NOT (chebi:"CHEBI:18315") NOT (existence:4) и получил 6 результатов каждый из которых имел PE 1/5.
Затем рассмотрев (ec:1.1.5.2) AND (existence:1) и несколько других хорошо аннотированных записей можно однозначно говорить что в классе ec:1.1.5.2 все ферменты имеют PQQ в качестве акцептора электрона, а все записи утверждающие обратное были предсказаны только по первичной структуре или по гомологии но плохо аннотированны.