| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bifunctional protein FolD | FOLD_ECOLI | FOLD_BACSU | 712 | 50.3 | 64.6 | 5 | 1 |
| Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase | GSA_ECOLI | GSA_BACSU | 1230 | 53.9 | 72.5 | 8 | 4 |
| ATP synthase subunit beta | ATPB_ECOLI | ATPB_BACSU | 1534.5 | 64.1 | 78 | 13 | 5 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Bifunctional protein FolD | FOLD_ECOLI | FOLD_BACSU | 719 | 52.2 | 66.9 | 1 | 1 | 96.5% | 97.8% |
| Glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase | GSA_ECOLI | GSA_BACSU | 1231 | 55 | 73.8 | 2 | 2 | 100.0% | 99.3% |
| ATP synthase subunit beta | ATPB_ECOLI | ATPB_BACSU | 1534.5 | 64.6 | 78.7 | 9 | 4 | 100.0% | 99.1% |
Для этого задания были выбраны разные субъединицы АТФ-синтазы разных организмов, как можно заметить у них есть незначительные схожие участки, что можно было предположить исходя из разительного отличия структуры и функций бэта и дельта субъединиц.
| method | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| needle | ATPD_ECOLI | ATPB_BACSU | 25 | 9 | 15.1 | 328 | 13 | - | - |
| water | ATPD_ECOLI | ATPB_BACSU | 43 | 31.7 | 48.3 | 2 | 2 | 33.8% | 12.6% |
Я решил сделать множественное выравнивание для белков c мнемоникой FOLD_ имя белка Bifunctional protein FolD. Нашлось 46525 записей. Для выравнивания я скачал все 7 последовательностей в формате .fasta и открыл их в Jalview выбрал все последовательности и сделал выравнивание с помощью muscle. Все белки гомологичны, всего 15 консервативных участок наиболее консервативны из которых 8, это примерная оценка так как трудно определить точные границы между этими участками.
1)проект Jalview ссылка