Практикум 2
Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев
Сперва вспомним, как выглядело дерево, построенное вручную по существующей систематике. В дальнейшем возникнут некоторые проблемы с укоренением деревьев. Систематику я точно верно прочитал и перевел в скобочную форму. Первым от корня отходил ANGIN (Anguilla interioris) или Высокогорный длиннопёрый угорь. Он относится к Elopocephala, все остальные организмы относятся к кладе Osteoglossocephala. Далее есть ветвь, объединяющая PETCC и DANRE (Pethia conchonius и Danio rerio), они относятся к кладе Otomorpha или Otocephala, остальные рыбы относятся к кладе Neoteleostei.
1. Далее нам предлагается построить дерево с помощью алгоритма fastme с оценкой эволюционныг расстояний через p-distance. ASTOC POEOC и DACPE находятся хотя бы в одной ветви, что соотвествует изначальной топологии, INDPA и TETNG Если опустить неразрешенность, находятся на одном уровне, что совпадает с изначальной топологией. ANOCO отходид сразу после ANGIN, что определенно не верно, DANRE и PETCC находятся на разных ветвях, чтоо не верно.
2. Далее нам предлагается построить дерево с помощью алгоритма fastme с оценкой эволюционных расстояний через MtRev. Идя по порядку ANGIN и DANRE идут согласно исходной топологии, PETCC находится на уровень ниже а не в однойф ветви с DANRE. ANOCO, находится в корне у оставшейся ветви как и в исходной топологии. Далее все организмы находящиеся в оставшейся крупной ветви не имеют никаких топологических совпадений, но тут трудно судить из-за неразрешенности ветви исходного дерева.
3. Далее нам предлагается построить дерево с помощью программы IqTree с параметрами по умолчанию. ASTOC POEOC и DACPE находятся в отдельной ветви, что соотвествует исходной топологии, все остальное не соотвествует, а именно в дереве видов нет ничего похожего на ветвь TETNG INDPA ALLGN, которую построил алгоритм, про остальное трудно судить из-за неразрешенности исходной ветви.
4. Подводя итог можно сказать что все алгоритмы справились с построением деревьев по Цитохрому Б сомнительно, что вероятно связано с неудачным подбором организмов, потому что все остальное было сделано строго согласно инструкции.