Таблица. Измерение торсионных углов остатка Ser10 в белке THIO_BACSU, цепь А
|
Название
двугранного угла |
Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома) |
Данный угол описывает поворот вокруг связи |
Результат измерения
с помощью RasMol |
| φ |
1.GLN9:A.C (карбонильный углерод 9-ого остатка цепи А) 2.SER10:A.N (азот остова 10-ого остатка цепи A) 3.SER10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 4.SER10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) |
Ni - Cαi | -94.65 |
| ψ |
1.SER10:A.N (азот остова 10-ого остатка цепи A) 2.SER10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 3.SER10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) 4.PHE11:A.N (азот остова 11-ого остатка цепи A) |
Cαi - Ci | -12.41 |
| ω |
1.SER10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А) 2.SER10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А) 3.PHE11:A.N (азот 11-ого остатка цепи A) 4.PHE11:A.CA (углерод 11-ого остатка цепи А) |
Ni - Ci+1 | -171.43 |
Схема для расчета торсионного угла φ
Карта Рамачандрана
По карте Рамачандрана мы можем видеть, что углы для глицина очень различны.
Это связано со структурой глицина(очень маленький боковая группа, который может вращаться вокруг связей).
Пролин на карте менее разбросан, чем глицин.К тому же значения углов φ принимают только отрицательные значения.
Это обуславливается тоже строением боковой группы а.о.
У пролина боковая группа замкнута с Сα, что мешает вращению вокруг связи.
Значения углов для α-спирали находятся в одной малой области. Это связано с особой укладкой α-спирали. Значения для β-листов тоже находятся в опреденной области, но эти значения менее
скучены,чем значения для спиралей.