Исследование вторичной структуры белка THIO_Bacsu


1)Общее описание вторичной структуры

  • α-спирали 4
  • β-тяжи 5
  • β-повороты 7
    Белок α+β,т.к его нельзя отнести ни к α,ни к β, ни к α/β классу
    Исследуемые элементы:
  • α-спираль 30-46 а.о.
  • β-тяж 19-25 а.о.
  • реверсивный поворот 25-29 а.о.

    2) Исследование α-спирали


    Мы можем заметить, что все атомы кислорода и азота остова образуют водородные связи кроме одного атома азота (37 а.о). Поэтому общий паттерн мы записать не сможем. Запишем паттерны для участков 30-33 и 34-46. Для 30-33 можем видеть, что кислород а.о(к примеру 30) соединяеться с азотом другого а.о через 3 а.о(т.е для примера 33). Паттерн выглядит так: H(i,i+3), где i номер а.о. i=[30,34]. Для участка 34-36 паттерн записываеться так, но тут уже разница а.о равна 4. Паттерн будет выглядить так: H(l,l+4), где l номер а.о. l=[34,42].Атомы Сβ выходят из цилинда образованного остовом спирали. На обоих рисунках показаны проволочные модели спирали, с водородными связями (сине-красные).
    На втором рисунке модель тоньше, выделены красными шариками Сβ и связи между атомами Сβ и Сα(красно-белые).

    2) Исследование β-листа


    Данный β-лист являтся смешанным,т.к средний тяж с левым тяжом параллелен, а с правым антипараллелен.Атомы Сβ каждого тяжа, то поочередно выходят в разные полупространства от плоскости, в котором находится β-лист. На обоих рисунках показаны проволочные модели спирали , с водородными связями (сине-красные). На втором рисунке модель тоньше, выделены красными шариками Сβ. и связи между атомами Сβ и Сα(красно-белые).

    3) Исследование реверсивного поворота


    Исследован реверсивный поворот с 25-29 а.о. Поворот образуют: Trp25Ala26Pro27Trp28Cys29. Присутствует одна водородная связь, поддерживающий этот поворот("Сине-красная" связь на рисунке). На первом рисунке поворот представлен в остовной модели, а на втором только остов в проволочной модели.

    4) Описание α-спирали

    Чтобы рассчитать шаг,мы должны найти два атома Сα, находящиеся друг под другом(к примеру атомы углерода Сα 38 и 35 а.о.).Шаг равен 38-35=3, либо 46-42=4. Среднее арифмитическое равно 3,5. Вот и будем считать шаг равный n=3,5
    На рисунке спираль повернута к зрителю N-концом. Мы видем, что спираль поворачивается по часовой, значит n=+3,5
    Расстояние между Сα равен примерно 5.87Å. Мы выбрали эти атомы, так они находятся друг под другом при повороте на один шаг
    Чтобы найти радиус мы найдем диаметр, который равен высоте треугольника построенного на атомах Сα 33,34,36 а.о.Найдем длины сторон треугольника("33-34"=5.47Å,"34-36"=5.44Å,"33-36"=3.23Å). По теореме косинусов находим угол (34)(36)(33).
    COSγ=(5.472-5.442-3.232)/((-2)*5.44*3.23)=0.28.
    γ=ARCCOS(0.28)=73,73°
    Из прямоугольного треугольника найдем искомый диаметр.
    d=5.44*SIN(73.73,°)=5,22Å
    r=d/2=5.22/2=2.61Å
    Вернуться на страничку 1 семестра
    © Сливко-Кольчик