Поиск мотивов: программа MEME.

I Задание
В моем выравнивании найдено 3 мотива.

Данные о мотивах:

№1 мотив
Мотив найден во всех белках
Координаты в моем белке - 24-74
P-value моего белка=4.47e-53
Длина=50
Энтропия=168.5 bits
На выравнивании внизу мотив выделен синим

№2 мотив
Мотив найден во всех белках
Координаты в моем белке - 74-103
P-value моего белка=1.00e-24
Длина=29
Энтропия=61.0 bits
На выравнивании внизу мотив выделен оранжевым

№3 мотив
Мотив найден во всех белках
Координаты в моем белке - 7-22
P-value моего белка=3.62e-13
Длина=15
Энтропия=37.1 bits
На выравнивании внизу мотив выделен красным

II Задание

Файл в msf-формате(выравнивание)
Интересный факт:
Мотив №3 программа MEME выравнивает чуть-чуть по-другому:
Посмотреть на выравние мотива №3 в txt-формате сделанное MEME

III Задание
Поиск мотивов программой MAST
Итак исследовано 50 белков

В 45 встречаеться мотив №1

В 19 встречаеться мотив №2

В 14 встречаеться мотив №3

В 11 встречаються все три мотива

Да, выравнивание, взятое из Pfam, соответствует мотивам.

Вернуться на страничку 2 семестра