Комплексы ДНК-белок

I Задание: Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Вспомнить, как с помощью команды define RasMol задавать множества атомов.
Скрипт выделяющий различные множества в заданной структуре
Еще один скрипт

Описать ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнить количество контактов разной природы.

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	35	35
остатками фосфорной кислоты	6	17	23
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	7	4	11
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	5	2	7

Схема контакта ДНК с белком

Посмотрев на данные схемы можно заметить как взаимодействует белок с ДНК.
В данном ДНК-комплексе видно, что Ala57 больше всего с ДНК (11С, 13С, 14Т для цепи D & 14T, 13C, 12G и 11С для цепи E)
Так же можно заметить, что Ser очень часто соеденяется с остатком фосфорной кислоты. Из этого можно преддположить, что Ser нужен для расспознования ДНК.
II Задание: Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1QU2.pdb

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам *find_pair*)	Результаты предсказания с помощью *einverted*	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар	Предсказано 7(+1) пар из 7	Предсказано 7 из 7
D-стебель	5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пар	Предсказано 0 из 4	Предсказано 0 из 4
T-стебель	5' 50-53 3' 5' 61-64 3' Всего 4 пар	Предсказано 0 из 4	Предсказано 0 из 4
Антикодоновый стебель	5' 38-44 3' 5' 26-32 3' Всего 6 пар	Предсказано 6 из 6	Предсказано 0 из 6
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	14

С помощью enverted было найдено всего 2 стебля (акцепторый и антикодонный). Посмотреть можно тут .
Алгоритм Зукера мне чаще всего выдает вот такую мало правдоподобную картинку , но все таки он находит акцепторный стебель правильно.

Вернуться на страничку 3 семестра