Эволюционные домены

Сведения о выбранном домене

Тиоредоксин катализирует дисульфидные связи при формировании и изомеризации других ферментов.

12592 последовательностей с данным доменом.

138 архитектур содержат данный домен.

Кол-во последовательностей по царствам.

Археи	Бактерии	Эукариоты	Вирусы
45	234	7104	469

Выбор доменов

Выбранные архитектуры:

Thioredoxin

DsbC, DsbD, Thioredoxin (Изначально я предпологал, что только DscD встечается c Thioredoxin'ом, но как оказалось позже, что вместе с DsbD часто присутствеут и DsbC, и я решил иследовать эту архитектуру)
Excel файл по обработке архитектур.

Выравнивание, филогенетическое дерево и выводы

Выравнивание выбранных послевательностей

Скобочная формула дерева в формате .tre

По дереву можно заметить, что дерево разбилось на 2 вполне разумные ветви: там где один домен и там где два домена. Хотя в ветви с одним доменом затисался белок с двумя доменами. Это очень интересно. Можно предположить, что в процессе эволюции белок бактерии Aeromonas media снова приобрел второй домен. (либо не правильно выравнялось)

В ветви, где 2 домена, можно определить четкое разделение на архей, бактерии и эукариоты. Такое нельзя назвать про ветвь с одним доменом. Тут все перемешано, что крайне странно.

Вернуться на страничку 4 семестра