EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути)

Объяснить, что значит код заданного фермента.

Данный белок-HIS4_ECOLI
Код-5.3.1.16
Объянение цифр: 5-Isomerases/Изомеразы
3-Intramolecular Oxidoreductases/Интрамолекулярные оксиредуктазы
1-Interconverting Aldoses and Ketoses/Внутренее трансформирование альдоз и кетоз
16-1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase/1-(5-фосфорибозил)-5-[(5-фосфорорибозиламино)мителиденеамино]имидазол-4-карбоксамид изомераза
Реакция:
1-(5-phosphoribosyl)-5-((5-phosphoribosylamino)methylideneamino)imidazole-4-carboxamide = 5-((5-phospho-1-deoxyribulos-1-ylamino)methylideneamino)-1-(5-phosphoribosyl)imidazole-4-carboxamide

Определить, в каких метаболических путях участвует изучаемый фермент.

eco00340 Histidine metabolism/Метаболизм гистидина
eco01100 Metabolic pathways/Метаболичные пути
eco01110 Biosynthesis of secondary metabolites/Биосинтез вторичных метоболитов

Найти в KEGG структурные формулы крахмала и D-глюкозы

1)Stranch/Крахмал
Индификатор-C00369


2)D-glucose/D-глюкоза
Индификатор-C00031

Найти метаболический путь от крахмала до D-глюкозы

Выбранная цепочка ферментативных реакций:
Путь: метоболизм крахмала и сахарозы
Цепочка: Крахмал→α-D-глюкоза-1P→UPD-глюкоза→Сахароза→D-глюкоза

Сравнение метаболических путей у разных организмов

Организм Возможна ли цепочка реакций Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655 нет неизвестены гены ферментов, катализирующий цепочки EC 2.4.1.13 EC 2.4.1.10
Archaeoglobus fulgidus нет неизвестны гены ферментов, катализирующие цепочку реакций
Arabidopsis thaliana (thale cress) нет неизвестен ген фермента, катализирующий цепочки EC 2.4.1.10
Homo sapiens нет неизвестены гены ферментов, катализирующий цепочки EC 2.4.1.13 EC 2.4.1.10

После долгих поисков обнаружил, что во всех организмах, которые я просмотрел не найден ген, катализирующий реакцию ЕС 2.4.1.10

Сравните ферменты из далеких организмов

Данный мне фермент: 2.4.2.4
Запрос:([uniprot-ECNumber:2.4.2.4*] & ([uniprot-ID:*_HUMAN*] | [uniprot-ID:*_ARCFU*]))
Исследуемые белки:TYPH2_ARCFU и TYPH_HUMAN

Доменые структуры обоих белков.
Ортологи: для человека - Thermococcus barophilus: TERMP_01023 (tba)
для археи - Hydra magnipapillata: 100198093 (hmg)

Вернуться на страничку 4 семестра
© Сливко-Кольчик