Gene Ontology

Знакомство с терминологией GO

Описание функции белка THIO_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?     Ничего не указано
Зачем, для чего? Biological process 7 Регуляция окислительно-востоновительного гомеостаза;
Глицерин эфирный метаболизм;
Процесс, при котором некоторые электронные носители начинают работать вместе для передачи электронов от доноров к различным акцепторам электронов для создания трансмембранного электрохимического градиента;
Транспорт макромолекул,малых молекул, ионов
Молекулярный механизм? Molecular function 2 Катализ реакции: белок с ограниченной группой сульфида=белок с окисленными дисульфидными связями;
Молекулярная организация, которая служит как донор электрона и акцептор электрона в электроно-транспортной системе.
Специфичность?     Ничего не указано

Описание термина GO, ассоциированных с THIO_BACSU

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0015035 thioredoxin activity
protein disulphide oxidoreductase activity
haem lyase disulphide oxidoreductase activity
heme lyase disulfide oxidoreductase activity
GO:0008150 biological_process; GO:0008152 metabolic process; GO:0003674 molecular_function; GO:0003824 catalytic activity; GO:0016491 oxidoreductase activity; GO:0016667 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors; GO:0015036 disulfide oxidoreductase activity; -
GO:0006662 glycerol ether metabolism GO:0008150 biological_process; GO:0008152 metabolic process; GO:0044281 small molecule metabolic process; GO:0018904 organic ether metabolic process GO:0006639 acylglycerol metabolic process; GO:0044269 glycerol ether catabolic process; GO:0046485 ether lipid metabolic process; GO:0046504 glycerol ether biosynthetic process
GO:0022900 - GO:0008150 biological_process; GO:0008152 metabolic process; GO:0009987 cellular process; GO:0044237 cellular metabolic process; GO:0055114 oxidation-reduction process; GO:0006091 generation of precursor metabolites and energy; GO:0009767 photosynthetic electron transport chain; GO:0022904 respiratory electron transport chain

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Описание таксона:
Русское название-Морскаяя свинка
Английское название-Domestic guinea pig
Латинское название-Cavia porcellus
Taxonomy ID: 10141
Ранг-species

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Морской свинки(по данным UniProt)

  Количество в UniProt Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально 91 275
Известны только соответствующие транскрипты 167 366
Гипотетический белок, предсказан по гомологии 38 41
Иные предсказанные гипотетические белки - -

Описание протеома бактерии Clostridium perfringens (бактерия-возбудитель газовой ганрены), полный геном которой секвенирован

2876 белка в протеоме бактерии.
Самые расмространнеые термины из различных словарей:
Словарь Go ID Описание(по-английски) Описание(по-русски) Число находок
C GO:0005737 cytoplasm цитоплазма 417
F GO:0005524 ATP binding АТФ связывание 274
P GO:0006412 translation трансляция 171
График расспределения аминокислот в протеоме.


Excel файл по работе с ссылками на базу GO

Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

Функция-биосинтез пуринов
Нашлось-GO:0009113 : purine base biosynthetic process
Словарь-process
По морской свинке ничего не нашлось. Однако, нашлось для человека.
Нашлось 19 белков.
Все последовательности в faste
Вернуться на страничку 4 семестра
© Сливко-Кольчик