Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям.
Анализ деревьев, содержащих паралоги.

  • Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

    • Дерево построено с помощью программы fdnapars. 
         +-LACLM     
     |  
     |        +-STAA1     
  +--2     +--5  
  |  |  +--4  +-BACAN     
  |  |  |  |  
  |  +--3  +-GEOKA     
  |     |  
  |     +--LACAC     
  |  
  1---CLOBE1    
  |  
  +--------------------------------------CLOTE
    Для STRPN не был указан ген 16s rRNA, поэтому на дереве STRPN отсутствует.
    Нижнее дерево из предыдущего задания построенного с помощью fprotpars. 
     
                    +--BACAN     
        +-----------4  
        !           +--GEOKA     
        !  
     +--3           +--LACLM     
     !  !        +--7  
     !  !     +--6  +--STRPN     
     !  !     !  !  
  +--2  +-----5  +-----LACAC     
  !  !        !  
  !  !        +--------STAA1     
  1  !  
  !  +-----------------CLOB1     
  !  
  +--------------------CLOTE
    Мы видим, что деревья достаточно разные, но есть и одинаковая ветвь (СLOTE,CLOB1)

  • Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

    • Было найдено 12 гомологов для данного белка.
    Дерево построено с помощью fprotpars. 
    

                          +--------HSLU_STAA1
                          !  
     +--------------------9     +--HSLU_GEOKA
     !                    !  +-11  
     !                    +-10  +--HSLU_BACAN
     !                       !  
     !                       +-----HSLU_LACAC
     !  
  +--8                 +-----------CLPX_STAA1
  !  !                 !  
  !  !           +-----5        +--CLPX_BACAN
  !  !           !     !  +-----7  
  !  !           !     !  !     +--CLPX_GEOKA
  !  !           !     +--6  
  !  +-----------3        !     +--CLPX_CLOTE
  1              !        +-----4  
  !              !              +--CLPX_CLOB1
  !              !  
  !              !              +--CLPX_STRPN
  !              +--------------2  
  !                             +--CLPX_LACLM
  !  
  +--------------------------------FTSH_STRPN
    Видно, что программа расположила белки с одинаковой функцией на разные ветви.
    Паралоги:
  • HSLU_BACAN и CLPX_BACAN
  • FTSH_STRPN и CLPX_STRPN
  • HSLU_GEOKA и CLPX_GEOKA
  • HSLU_STAA1 и CLPX_STAA1
    Ортологи:
  • CLPX_CLOTE и CLPX_CLOB1
  • CLPX_BACAN и CLPX_GEOKA
  • HSLU_GEOKA и HSLU_BACAN

    Вернуться на страничку 4 семестра
    © Сливко-Кольчик