Создание паттерна по выравниванию семейства белков.

Поиск в банке Prosite паттерн рибосомального белка RL14_BACSU бактерий.

Паттерн:

[GA]-[LIV](3)-x(9,10)-[DNS]-G-x(4)-[FY]-x(2)-[NT]-x(2)-V-[LIV]

Описание семейства:

Рибосомальные белки L14 - один из белков из большой рибосомальной субъеденицы. В эубактериях, L14, как известно, связывается непосредственно с 23S рРНК. Они принадлежат к семье рибосомных белков, которая основана на сходсве последовательностей:
  • Эубактерий L14
  • Хлоропласт растений и водрослей L14.
  • Цианеллы L14.
  • Archaebacterial L14.
  • Дрожжи L17A.
  • Млекопитающие L23.
  • Caenorhabditis Elegans L23 (B0336.10).
  • Митохондрия высших эукариот L14.
  • Митохондрия дрожей Yml38 (ген MRPL38).

    L14 это белок состоящий от 119 до 137 аминокислотных остатков. Для выбора значимого паттерна, мы выбрали консервативную область расположенная на С-концевой половине этих белков.
    Последнее обновление: Ноябрь 1997

    Характеристики паттерна:

    Нашлось: 995 находок среди 995 различных последовательностей.
    Ошибочные находки: 0 находок среди 0 последовательностей.
    Число известных потерянных находок:73.
    Число лишних последовательностей находятся паттерном:0.
    Точность:100%
    Чувствительность:92.90%

    Создайте паттерн для поиска белков подсемейства.

    Итак, по участку(рыжая рамка) выравнивания (.msf) был построен паттерн:
    A-x-[PG](3)-x-V-K(2)-G-x-V(2)-K-A-V-I-V-R-x(8)-[DNS]-G

    Цвет Зеленый Синий Красный Бирюзовый Желтый
    Отдел Firmicutes Chlamydiae Proteobacteria Cyanobacteria Actinobacteria
    Этот паттерн, после различных поправок выдавал больше всего находок по отделу Firmicutes.
    99 находок из 160 (62%) Однако, такой паттерн при поиске по бактериям выдал 111 находок. Значит лишних послеовательностей 12.
    Из этогих цифр можно сделать вывод, что паттерн не находит всех из отдела Firmicutes, однако, такой паттерн достаточно точнно находит Firmicutes среди бактерий.
    Я взял несколько отделов, контрольных, чтобы посмотреть, какие позиции в Firmicutes уникальны.
    Работа по улучшению паттерна ведется.

    P.S. Еще мне заинтересовал участок, отмеченный на выравнивании красной стрелкой. Интесно, как такой достаточно длинный кусок туда попал?(Если учесть что у других белков, которых нет выравнивании, такого куска нету)
    Вернуться на страничку 4 семестра
    © Сливко-Кольчик