Трансмембранные белки

Сравнение трансмембранных белков с разной структурой


2DF9

3KVN


PDB код Число цепей Тип
(спираль, баррель) 		Число трансмембранных участков в цепи Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное) 		(*) Толщина мембраны в ангстремах
(расстояние между атомами на границах трансмембранных участков перпендикулярно мембране
2DF9 1 Спираль 3 23,25,26 (все три участка) 31,3 (посчитано вручную из PDB)
3KVN 2 Баррель 12 11-13. Обычно 12 24,4±1,5Å







Описание трансмембранного белка O93533

По анотации из Uniprot, следует что белок предлежит к семейству Connexin, так же можно понять что в мембране находится 4 альфа-спирали длиной 21 а.о.

Результаты исследования структуры c помощью программы предсказания трансмембранных спиралей по последовательности TMHMM (результаты по ссылке). Программа нашла такое же кол-во альфа-спиралей, однако участки, где находится спирали, смещены на 2-4 а.о, от тех участков, которые указаны в Uniprot. Так же программа указывает, что длина альфа-спиралей составляет 23 а.о. (в Uniprot'е 21 а.о.).

C помощью гомолога CXB2_HUMAN

Выравнивание в msf
Цветом отмечены:
Спирали-CXB2_HUMAN(оранжевый),O93533(желтый)
Цитоплазматические участки-CXB2_HUMAN(синий),O93533(зеленый)
Экстрацеллюлярные участки-CXB2_HUMAN(голубой),O93533(красный)

Сравнение предсказания TMHMM с предсказанием по структуре гомолога

  Число а.к. остатков
Всего а.к. остатков в последовательности 216
Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего) 92
Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP) 86
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP) 6
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN) 120
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN) 4
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) 0.9555
Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)  0.9523
Точность(precision) = TP /(TP+FP) 0.9347
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) 0.6552
Недопредсказание = FN / (TN+FN) 0.0322

Вернуться на страничку 4 семестра
© Сливко-Кольчик