На главную страницу

Abinitio вычисления для нафталина и азулена


  • Оптимизировать с помощью MOPAC структуры нафталена и азулена.
    Оптимируем сначала азулен.
    C помощью obgen и различных силовых полей(MMFF94, MMFF94s, UFF) оптимизируем азулен.
    C помощью MMFF94.

    C помощью MMFF94s.

    C помощью UFF.

    Итак нам подходит оптимизация с UFF, т.к. в итоге молекула получается плоская.
    Оптимизируем нафталин с UFF.


  • Оптимизация с помощью GAMESS.
    Для оптимизации в Gamess нужно с помощью babel переформатировать в gamin.
    babel -imopout azu.out -gamin azu.inp
    Затем в полученные файлы с форматом *.inp был вставлен новый заголовок.

    $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
    $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $end
    $system mwords=2 $end
    $DATA


    В GBASIS указан базис N31.
    Так получилось два файла формата *.inp для азулена и нафталина
    А затем с помощью Gamess эти два файла оптимизируем.
    Получилось по одному файлу в формате *.log для азулена и нафталина

  • Расчёт энергии методом Хатри-Фока и методом теории функционала плотности.
    Теперь чтобы рассчитать энергию нужно изменить файлы *.int.
    Для этого, чтобы рассчитать энергию методом Хатри-Фока нужно добавить в начало *.int такие строчки.

    $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY $END
    $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6
    POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
    $GUESS GUESS=HUCKEL $END
    $system mwords=2 $end
    $DATA
    Получится такие файлы *.int азулена и нафталина
    После gms получается *.log азулена и нафталина

    Для метода теории функционала плотности добавить в начало *.int такие строчки.

    $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS dfttyp=b3lyp RUNTYP=ENERGY $END
    $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6
    POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
    $GUESS GUESS=HUCKEL $END
    $system mwords=2 $end
    $DATA

    Получится такие файлы *.int азулена и нафталина
    После gms получается *.log азулена и нафталина

  • Сравнение энергий, полученных методом Хатри-Фока и методом теории функционала плотности
    В полученных файлах были найдены строчки с TOTAL ENERGY.Затем заполнил таблицу.
    Вещество Хартри-Фок DFT
    Нафталин -383.3546610434 -385.6400107604
    Азулен -383.2824690219 -385.5857491456
    Δ Hartree 0,072192021 0,054261615
    Δ kCal/mol 45,30117708 34,04967709

    Итак энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol.
    Мы видим,что ближе к этому числу подошел метод DFT. Собственно, этот метод и лучше.
    обратно
    © Сливко-Кольчик