На главную страницу

Анализ результатов моделирование самосборки липидного бислоя.


Параметры:
  • Силовое поле, используемое при построении топологии, - ffgmx.
  • Размер и форма ячейки: прямоугольный параллелепипед со сторонами 6.26000, 4.44300 и 5.77800 нм.
  • Минимизация энергии:
  • Модель, которой описывался растворитель:
  • spc.itp
  • Утряска растворителя:
  • Основной расчёт МД:

    • Визуальный анализ

  • Проанализируем движение молекул:
    trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_1.pdb -skip 20
    Получили b_pdc_1.pdbфайл.
    В файле получилось,что некоторы атомы,переносятся на другую сторону ячейки.Из-за этого образуются линии пересекающие ячейку.Избавимся от этого.
    trjconv -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o b_pbc_2.pdb -skip 20 -pbc mol
    Получили b_pdc_2.pdbфайл.
    Картинка уже лучше.

    Получился бислой без посторонних полос.
    27500 Бислой начинает образовываться примерно с 56 номера модели, что соответствует времени 27500 фемтосекунд.

  • Определим площадь занимаемую одним липпидом.
    Получим сначала размеры ячейки. 
    g_traj -f b_md.xtc -s b_md.tpr -ob box_1.xvg
    Получили box_1.xvgфайл.
    В файле есть 4 заполненных столбика. Первый стобец-время, остальные-размер ячейки по оси.
    Нормалью была ось Y. Чтобы узнать площадь,нужно перемножить значения по осям не являющиемся нормалью (X,Z), а затем поделить на 32 (среднее количество молекул липидов в одном слое).
    Вычисления проводились в Exel.Вот здесь.
    Усреднив все значения, мы получили, что средняя площадь 1 липида в бислое - примерно 0,684765688 нм2.
    Интересно еще, что о временем площадь липида в бислое уменьшается,однако, спад не очень резкий.

  • Посмотрим на изменение гидрофобной и гидрофильной поверхности.
    Получим данные о гидрофильности и гидрофобности.
    g_sas -f b_md.xtc -s b_md.tpr -o sas_b.xvg
    Получили sas_b.xvgфайл.
    В файле возьмем 3 первых столика:время,гидрофильность,гидрофобность.Построим по этим данным две зависимости.

    По графику видно,что при образовании бислоя происходит уменьшение как гидрофобной, так и гидрофильной поверхностей. Эти изменения снижают энергию систем в водном растворителе.

  • Посмотрим на меру порядка.
    Проанализируем начало траектории.
    g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_start.xvg -n sn1.ndx -e 5000 -d Y
    Получили ord_start_Y.xvgфайл.
    А теперь конец.
    g_order -s b_md -f b_md.xtc -o ord_end.xvg -n sn1.ndx -b 35000 -d Y
    Получили ord_end_Y.xvgфайл.
    Построим два графика по этим данным.
    Для начала траектории:

    Для конца траектории:

    Для начала траектории значения меры колеблятся, но возрастают. Хвост двигается гораздо свободней головки.
    Для конца график более сглаженный,однако значания меры по прежнему возрастают.

    Все вычисления и графики находятся в Exel.Вот здесь.
    обратно
    © Сливко-Кольчик