Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Итак нам дан 1,2-диметоксиэтан.Его SMILES:COCCOC.
Разобьем на 2 мономера. Это диметиловый эфир. Его SMILES:COC.
Расчитаем частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу. Новый SMILES:COCC. Запишем в файл cocc.smi
Сделаем из этого файла файл .pdb. Вот он cocc.pdb

Запустим Ante-RED.pl. В полученный файл Mol_red1.p2n добавим директиву об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы.
Директива:

REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R

Посчитаем теперь заряды с помощью RED-vIII.4.pl. Получили Mol_m1_o1-sm.mol2

Теперь построим запись для остатка (rtp) в силовом поле amber99sb.
Скопируем в рабочую директорию директорию силового поля. Затем в файле aminoacids.rtp найдем запись о глицине и поменяем заряды на заряды потиленгликоля, основываясь на файле Mol_m1_o1-sm.mol2.
Было с глицином:

[ GLY ]
 [ atoms ]
     N    N           -0.41570     1
     H    H            0.27190     2
    CA    CT          -0.02520     3
   HA1    H1           0.06980     4
   HA2    H1           0.06980     5
     C    C            0.59730     6
     O    O           -0.56790     7
 [ bonds ]
     N     H
     N    CA
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA     C
     C     O
    -C     N
 [ impropers ]
    -C    CA     N     H
    CA    +N     C     O

Стало для этиленгликоля:

[ EGL ]
  [atoms]
    C1    CT           0.00420     1
    H1    H1           0.05530     2
    H2    H1           0.05530     3
    H3    H1           0.05530     4
    O1    OS          -0.36320     5
    C2    CT           0.13850     6
    H4    H1           0.02730     7
    H5    H1           0.02730     8
  
 [ bonds ]
     C1   H1
     C1   H2
     C1   H3
     C1   O1
     O1   C2
     C2   H4 
     C2   H5
    +C2   C2

Теперь сделаем файл .pdb для 1,2-диметоксиэтана. Вот он coccoc.pdb