На главную страницу

Вычисление параметров для молекулярной механики

  • Длина С-С связи
    Дана оптимизированная структура этана в виде z-matrix: 
     $DATA                              
eth
C1
 C   
 C      1   cc 
 H      2   ch   1   cchv 
 H      2   ch   1   cch   3   d1 0
 H      2   ch   1   cch   3   d2 0
 H      1   ch   2   cch   3   d3 0
 H      1   ch   2   cch   5   d3 0
 H      1   chv  2   cch   4   d3 0

cc=1.52986
ch=1.08439
chv=1.08439
cch=111.200
cchv=111.200
d1=120
d2=-120
d3=180
 $END

    Наша цель состоит в том, что бы создать порядка 20 разных файлов для расчёта энергии в Gamess с разными значениями по длине одной из связей.
    Сделаем для этого bash-скрипт.
    Но сначала мы сделаем файл-заготовку для размножения с изменеными данными о входных координатах(COORD=CART на COORD=ZMT).
    Итак получили файл et.inp
    Теперь напишем скрипт. Вот он make_b.bash
    В итоге скрипт выдал нам таблицу с энергими и с длинной связи.
    1.32986    -79.7339315289
1.34986    -79.7406173737
1.36986    -79.7462868578
1.38986    -79.7510331813
1.40986    -79.7549412921
1.42986    -79.7580886263
1.44986    -79.7605457819
1.46986    -79.7623771323
1.48986    -79.7636413832
1.50986    -79.7643920816
1.52986    -79.7646780790
1.54986    -79.7645439543
1.56986    -79.7640303992
1.58986    -79.7631745699
1.60986    -79.7620104053
1.62986    -79.7605689179
1.64986    -79.7588784564
1.66986    -79.7569649422
1.68986    -79.7548520851
1.70986    -79.7525615748
1.72986    -79.7501132582

    Все переправим в bond
    Теперь с помощью gnuplot отметим точки и "натянем" на параболу: f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b
    Параметры:
    a=-80
    k=1
    b=1.5
    Получились следующие коэффициенты:
    a=-79.7652+/-0.0004522
k=0.563608+/-0.02335
b=1.55432+/-0.002455
    И график:

    Точки не совпадают с графиком.=( Нужна более сложная зависимость для полного совпадения.

  • Валентные углы
    Теперь все тоже самое сделаем для валентных углов.
    Скрипт make_ang.bash
    Все переправим в ang
    Апроксимируем с той же функцией c теми же коэффициентами
    Получились следующие коэффициенты:
    a=-79.7647
k=3.56075e-05
b=111.38

    И график:

    Успех.Здесь функция аппроксимировалась лучше.

  • Торсионные углы
    Теперь тоже самое делаем для торсионных углов.
    Скрипт make_tor.bash
    Все переправим в tors
    Итак получаем после обработки данных в gnuplot график:

    Количество минимов=3. Правый и левый совпадают + 2 по середине.
    обратно
    © Сливко-Кольчик