be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Напишем скрипт для анализа данных, который выдывал визуализированную молекулу этана для разных методов, а также данные о потециальной и кинитической энергии.
Скрипт all.bash
Получили 5 .pdb файлов:
et_be.pdb,et_vr.pdb,et_nh.pdb,et_an.pdb,et_sd.pdb
И также скрипт создал еще 5 файла с данными о потециальной и кинитической энергии:
et_be_en.xvg,et_vr_en.xvg,et_nh_en.xvg,et_an_en.xvg,et_sd_en.xvg
Откроем .pdb в Pymol'e и посмотрим на различия:
be.pdb - молекула этана быстро вращается по оси С-С и поворачивается относительно середины этой связи. Изменение длины связи С-С не очень заметны.
vr.pdb - молекула изменяется ну очень хаотично. Не верю.
nh.pdb - молекула вращается вокруг своей оси. Изменения длины связи нет.
an.pdb - молекула немного "дрыгается" - есть изменение длины С-С связи, нет вращения. Похоже на поведение при низких температурах.
sd.pdb - молекула хаотично движется, есть вращение, изменение длины связи сложно проследить.
В Gnuplot построим графики потенциальной энергии связи и кинетической энергии (красным - потенциальная, зеленым - кинетическая) и распределения С-С связи.
| Метод | Энергии | С-С |
| be |  |  |
| vr |  |  |
| nh |  |  |
| an |  |  |
| sd |  |  |
В общем все методы дают графики похожие на распреденение Больцмана.Однако, на распределение Больцмана больше похожи графики методов "Velocity rescale", Нуза-Хувера и стохастической молекулярной динамики, но метод тохастической молекулярной динамики плохо себя показал в Pymol'е.
© Сливко-Кольчик