Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики

Итак, с помощью babel сделаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума. Добавим путь к скриптам в системный путь:
Переключить отображение номеров строк

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin

Теперь с помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл. Вот он файл et.pdb.

Ante_RED.pl et.pdb

Начнем создание файла описания молекулы в формате пакета программ GROMACS. Единица измерения расстояния в GROMACS нанометр. Пусть имя файла будет et.top.
После преобразований получили et.top.

Затем создадаим скрипт для моделирования испарения этана. У нас есть два файла.
Первое состояние соответствует газовой фазе, где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем. Файл для газа. Вторая система имеет такую же плотность как и жидкий этан. Файл для жидкой фазы.
Напишем скрипт et.bash.
После работы скрипта получимм по 7 .txt файла для каждого состояния.
Оттуда возьмем значения среднее значение энергии для каждого значения epsilon водорода.

              Liquid                              Gas
epsilon	  LJ (SR)     	Coulomb (SR)	LJ (SR)     	Coulomb (SR)
1.00000	  -253.389	0.00253608	-0.000226538	3.89948e-05 
0.12500	  -31.9072 	0.000452278	-0.000157918	3.89893e-05 
0.03703	  -5.14133 	0.000149597	-0.000141254	3.89911e-05 
0.01562	  -1.57194 	8.86437e-05	-0.000134331	3.89893e-05 
0.00800	  -3.99826 	2.56685e-05	-0.000130696	3.89908e-05 
0.00462	  -2.60282 	0.000114806	-0.000128504	3.89909e-05 
0.00291	  -3.44165 	4.65368e-05	-0.000127074	3.89911e-05

В газообразной фазе энергия VdW отличается от кулоновских на поорядок, а вот в жидкой фазе вклад вносят VdW , поскольку кулоновские взаимодействия малы.
Скорей всего эпсилон для рассчета энтальпии испарения этана должно быть где-то около 0,046.
обратно