Работа с Pymol

Итак.... Белок 1LMP

На картинке разными цветами отмечены:
Зеленый-белок
Желтый-2 молекулы лиганда NAG(N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE)

Синий-лиганд NDG(2-(acetylamino)-2-deoxy-a-d-glucopyranose)

Оцените возможности Sculpting, в Wizard->Demo->Sculpting
Sculpting позволяет работать с Ван-Дер-Ваальсовыми силами и изменять торсионный угол выделенной связи.

Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведите мутацию в белке.....
Рассмотрим лиганд NDG. Взаимодействует с двумя аминокислотными остатками белка: аспаргин и аспаргиновая кислота.

Заменим обе а.о. на глицин. Глицин самая маленькая аминокислота.
А еще глицин неполярная а.о. в отличии от аспаргина и не заряжена в отличии с аспаргиновой кислотой.
Эти изменения должны повлиять на связывание с лигандом.

Приседените флуорусцентную метку TAMRA к белку через сложноэфирную связь.
Вот, собственно, присоеденил метку. Голубой цвет-белок. Зеленый цвет-ТAMRA.

TAMRA соеденяется с белком через 119 остаток аспаргиновой кислоты.

Напишите скрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длинной 100 аминкислот.
Итак скрипт в формате .pml
На выходе получается вот такая картинка:

Но модельку можно сделать в виде ленточки:

обратно