Кристалл, группа симметрий, структурные факторы
Итак, сначала посмотрим как выглядит наша ячейка.
Мы можем сказать, что наша ячейка не ортоганальна, и белок находится в центре ячейки.
Параметры ячейки найдем в pdb файле белка. Найдем строку CRYST1:
CRYST1 36.765 38.395 41.878 83.33 66.62 78.08 P 1 2
Из этой строки можем понять параметры ячейки:
Длины сторон ячейки:36.765 38.395 41.878
Углы между сторнами ячейки:83.33 66.62 78.08
Тип центрирования: P
Тип симметрии: 1
Кол-во мономеров в ячейке: 2
Посмотрим количество соседних молекул в этой ячейке. Воспользуемся функцией symexp.
Получилось 10 соседей.(Можно посмотреть на картинках сверху, либо на список снизу).
Теперь скачаем файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного эксперимента.
Вот этот файл по моему белку(2voc-sf.cif)
Там есть строчка такого содержания:
_reflns.number_all 31147
Отсюда следует,что:
Структурных факторов-31147
А в таблтце можно найти данные по рефлексам:
Минимальная амплитуда рефлекса-14
Максимальная амплитуда рефлекса-1979,9
© Сливко-Кольчик