Программы Stride и HBplus

1. При поиске элементов вторичной структуры белка 1IWL была использована программа Stride.
На выходе был получен файл, из него таблица с информацией о втроричной
структуре экспортирована в файл Excel
Структура содержит 13 бета-тяжей и 3 альфа-спирали и 3 3-10-спиралей. 2.

helix	pdb		stride					
			              где 1- альфа-спираль; 5- 3-10-спираль.		
1	1	10	2	10				
5	71	73	71	73				
5	82	84	81	83				
1	88	96	89	95				
1	97	102	98	102				
5	163	168	164	167	

SHEET			
pdb		stride	
104	109	104	109
112	117	112	117
124	131	124	131
137	144	137	144
149	159	148	159
15	25	15	25
33	42	33	42
46	51	46	51
57	62	57	61
65	70	65	70
75	80	75	80
176	179	176	179

Итак, все элементы вторичной структуры программа обнаружила правильно, но с небольшими погрешностями в 1 а.о.

На данной картинке показана цепь а белка 1IWL, синем показаны альфа-спирали, красным бета-тяжи, желтым а.о. с положительным
значением угла phi, остальные остатки - зеленые.
3.

Водяной мостик

A0243-HOH O A0008-SER OG 3.49 HS -2 -1.00 -1.0 -1.00 -1.0 127.5 28
A0133-ARG NH1 A0243-HOH O 2.83 SH -2 -1.00 144.2 1.96 -1.0 -1.0 302

Водородная связь альфа спирали

A0005-ASP N A0001-ASP O 2.94 MM 4 6.00 157.8 1.99 150.7 157.7 4

Водородная связь между атомами боковой и основной цепи

A0096-ASN ND2 A0007-LYS O 3.14 SM -1 6.16 173.1 2.15 123.9 125.3 22

Водородная связь между атомами боковой цепи

A0007-LYS NZ A0011-ASP OD2 2.72 SS 4 6.16 129.3 1.96 122.1 133.7 23

Как видно верхняя связь - между боковыми цепями.