Описание белка cульфид-хинонредуктазы из генома бактерии Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270
Цель практимума - найти и грамотно обработать информацию о вышеупомянутом белке.
Базовая информация о белке
Сульфид-хинон редуктаза относится к классу оксидоредуктаз (группа ферментов, которые катализируют процессы, сопровождающиеся переносом электронов между молекулами). Является одним из ферментов, катализирующих биологическое окисление сульфидов. В общем виде работу фермента описывает следующая схема:
n×HS‾ + n×хинон = полисульфид + n×хинол
Фермент повторяет каталитический цикл без высвобождения продукта, получая полисульфид до 10 атомов серы. Реакция прекращается, когда достигается максимальная длина полисульфида, который может быть размещен в сульфидном кармане окисления.
Фермент играет важную роль в анизогенном бактериальном фотосинтезе (хемосинтезе).
В таблице приведена некоторая дополнительная информация, полученная из базы NCBI
| Идентификатор белка | ACK80359.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP001219.1 |
| Название белка | Sulfide-quinone reductase |
| Координаты гена в геноме | 1556784..1558088 |
| Длина гена (п.н.) | 1305 |
| Цепь | Прямая |
| Длина белка (а.о.) | 434 |
По ссылке ниже вы можете в FASTA-формате скачать аминокислотную последовательность
Интересный факт: сульфид-хинонредуктаза в своем составе содержит ФАД-флавинадениндинуклеотид - кофермент, принимающий участие во многих окислительно-восстановительных биохимических процессах.
Геномное окружение белка
На рисунке 1 вы можете видеть, что исследуемый белок соседствует с ACK78751.1 (segregation and condensation protein B) и ACK79727.1 (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B).
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка cульфид-хинонредуктаза (идентификатор белка ACK80359.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. Гены показаны в виде красных полосок, направление считывания отмечено стрелочками. Выше изображены рамки считывания (зеленым - старт-кодоны, красным - стоп-кодоны)
На рисунке 2 представлено изображение 3D-модели "родственного" белка - сульфид-оксиредуктазы - взятой из открытой базы данных RCSB PDB.
Подведение итогов практикума
С помощью открытых баз данных, например, NCBI, можно найти основную информацию о многих биомолекулах.