Задание

Для выполнения практикума использовался .fastq-файл проекта SRR4240356. Основные команды, использовавшиеся при выполнении заданий, указаны в таблице 1. В первую очередь из последовательностей были удалены адаптеры - порядка 2% всех последовательностей (в том числе видно исходя рис. 1, 2, 3). Качество последовательностей при этом практически не изменилось. Заметно выросло оно только после очистки (рис. 4, 5, 6).

fastqc filename.fastq

ava -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240356.fastq noadapters.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:7:7

java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 noadapters.fastq trimmed.fastq TRAILING:20 MINLEN:32

velveth velveth_31 31 -short -fastq trimmed.fastq

velvetg velveth_31

Исходя из данных stats.txt, самыми длинными контигами оказались 8 (len = 111962; рис. 7), 6 (len = 107488; рис. 8) и 10 (len = 80939; рис. 9). Рассмотрим выравнивания контигов с хромосомой Buchnera aphidicola (CP009253). Изображения карт локального сходства я получить не смогла, потому что BLAST в нескольких разных браузерах после множества запусков выдавал мне одну и ту же карту для 3го контига:

Постараюсь исправить, как только ситуация изменится.

Покрытие данным контигом генома составляет 13%. Некоторые гэпы в выравнивании выглядят как буквы нижнего регистра (нередко совпадающие с таковыми в геноме). Судя по всему, это участки низкой сложности, отсеянные самим BLAST. Число гэпов: 545 (2%) Выравнивание контига попадает в следующую область хромосомы: [528794:550219]

Покрытие 6го контига составляет 12%. Он лег на геном более "фрагментарно", чем предыдущий; также есть крупные гэпы. Всего гэпов 363 (3%) Координаты на хромосоме: [266073:275551]

10 контиг покрывает участок генома на 8%. Также имеются крупные гэпы, но само покрытие состоит всего из 7 фрагментов. Число гэпов: 544 (4%) Координаты на хромосоме: [127825:140555].