Практикум 2. 3DNA.
В рамках данного практикума мы работали с пакетом программ 3DNA.
Задание 1
С помощью команды fiber были сгенерированы структуры разных форм ДНК:
Задание 2
В таблице 1 приведена сравнительная характеристика разных форм ДНК.
| A-ДНК | B-ДНК | Z-ДНК | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина малой бороздки | 1,681 | 1,721 | 1,830 |
| Ширина большой бороздки | 0,798 | 1,169 | 0,72 |
На рисунках 1 и 2 вы можете видеть положение гуанина в выбранной мной для дальнейшего анализа молекуле B-формы ДНК. На рисунке 3 представлено изображение гуанина с цветовым обозначением того, в сторону какой из бороздок направлены атомы основания.
Задание 3
| Structure | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RNA* | -25,29703 | 90,752381 | 52,012381 | 86,3838095 | -141,12475 | -66,819802 | -145,59905 |
| A-DNA | -51.7 | 174.8 | 41.7 | 79.1 | -147.8 | -75.1 | -157.2 |
| B-DNA | -29.9 | 136.3 | 31.2 | 143.3 | -140.8 | -160.5 | -98.0 |
| Z-DNA (C) | -139.5 | -136.8 | 50.8 | 137.6 | -96.5 | 82.0 | -154.3 |
| Z-DNA (G) | 52.0 | 179.0 | -173.8 | 94.9 | -103.6 | -64.8 | 58.7 |
Исходя из данных таблицы 2 можно сделать вывод, что данная РНК по значениям некоторых углов схожа с A-формой ДНК, хотя значения alpha и beta-углов достаточно сильно различаются.
Всего в данной структуре было обнаружено 4 стебля с комплементарными основаниями:
1-7 : 71-65
49-52 : 63-60
10-13 : 24-21
26-30 : 42-38
Следующие взаимодействия были охарактеризованы как дополнительные связи, стабилизирующие структуру:
(53) U-**--A (57)
(54) U-**+-G (17)
(14) A-**—-U (8)
(15) G-**+-C (47)
Программой также было обнаружено 10 не Уотсон-Криковских взаимодействий:
G-**--U
U-**--A
U-**+-G
A-**--U
G-**+-C
G-**--U
U-**--A
U-**+-G
A-**--U
G-**+-C
В файле *.out в разделе "Ovelap area" представлена информация о возможных стекинговых взаимодействиях. Для дальнейшего рассмотрения были взяты три структуры с наибольшими значениями суммы перекрывания. Результат рассмотрения вы можете видеть на рисунках 4-6.
