Практикум 3. Предсказание вторичной структуры РНК.
Задание 1
В представленной ниже таблице вы можете видеть сравнение реальной и предсказанной вторичной структур тРНК. На рисунке 1 представлено изображение предсказанной по алгоритму Зукера структуры.
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5'-01-07-3' 5'-71-65-3' 7 пар | 0 | 7/7 |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-24-21-3' 4 пары | 0 | 4/4 |
| T-стебель | 5'-49-52-3' 5'-63-60-3' 4 пары | 4/4 | 3/4 + (2) |
| Антикодоновый стебель | 5'-26-30-3' 5'-42-38-3' 4 пары | (5) + 4/4 + (3) | 7/4 |
| Общее число нуклеотидов | 19 | 8 + (8) | 18 + (5) |
Задание 2
В таблице 2 представлена информация по поводу контакта молекулы с белком, рисунок 2 демонстрирует нам схему этих взаимодействий. Исходя из этих данных можно сделать вывод, что основная доля неполярных взаимодействий приходится на остатки 2'-дезоксирибозы, полярых - на остатки фосфорной кислоты.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 17 | 18 |
| остатками фосфорной кислоты | 25 | 11 | 36 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 3 | 5 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 4 | 4 |
Задание 3
Наибольшее число контактов с ДНК наблюдается у Arg168 (три контакта с дезоксирибозой аденина [49], один - с остатком аденина [48]; см. рис. 3)
Наиболее важными для распознавания последовательности можно считать те аминокислоты, которые образуют наибольшее число контактов с ДНК. Таковыми являются уже упомянутая выше Arg168, а также Ser176 (контакт с дезоксирибозами A[48] и C[47]) и Lys197 (контакты через воду с A[12] и c A[44]; см. рис. 4, 5)
