С помощью программы seqret создан файл с последовательностями длины 100, лежащими перед генами (5 штук), аннотированными у данного вируса (upstream sequences). Затем на kodomo была запущена программа MEME со следующими параметрами:

meme upstream.fasta -oc result -dna -mod zoops -nmotifs 3 -minsites 2 -maxsites 600 -minw 6 -maxw 50

Папку с полной выдачей MEME можно скачать по ссылке.

Самым убедительным результатом была первая находка, оказавшаяся во всех 5 рассматриваемых последовательностях. Некоторые результаты выдачи для первой находки показаны на рисунках 1, 2, 3.

Также считаю нужным оставить здесь для сравнения 2 и 3 мотивы из выдачи (рис 4, 5). Второй мотив выглядит сравнимым по "убедительности" с первым, чего нельзя сказать о 3.