После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

О гидрофобных ядрах:

Всего атомов в белке: 1600

Атомов в наиболее крупном ядре: 375

Процент атомов в гидрофобном ядре: 23,4 %.

На расстоянии 7 ангстремов окружение почти полность покрывает ядро, но все равно остаются "просветы".

На ~4 ангстремах находится большинство атомов окружения.

В некоторых местах может вместиться молекула воды.

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Jmol output: