Практикум №12

PSI-BLAST.

Проект

Задание 1. Поиск гомологов белка YP_422030.1 с помощью PSI-BLAST.

• 1 интерация: число находок выше порога - 151 ; лучшая находка: ID - Q133M2.1, bit score = 227, E-value = 6e-71; худшая находка: ID - B4U6K0.1, bit score = 42,4, E-value = 0,002
• 2 интерация: число находок выше порога - 969 ; лучшая находка: ID - Q0HPK8.1, bit score = 259, E-value = 2e-83 худшая находка: ID - A4D126.2, bit score = 42,3, E-value = 0,005;
• 3 интерация: число находок выше порога - 1667 ; лучшая находка: ID - Q8E8E3.1, bit score = 210, E-value = 2e-64 худшая находка: ID - Q59633.1, bit score = 41,9, E-value = 0,005;
• 4 интерация: число находок выше порога - 1869 ; лучшая находка: ID - A0KQX6.1, bit score = 235, E-value = 5e-71 худшая находка: ID - Q54RF3.1, bit score = 42,5, E-value = 0,004;
• 5 интерация: число находок выше поорога - 1872 ; лучшая находка: ID - A0KQX6.1, bit score = 274, E-value = 5e-86 худшая находка: ID - A4TE28.1, bit score = 42.1, E-value = 0,003.
• Последовательности возможных гомологов

Задание 3. Множественное выравнивание 1872 полученных последовательностей с помощью команды muscle.

• Команда: muscle -in seqdump.fasta -out align.fasta
• Выравнивание

Задание 4. Множественное выравнивание типичных представителей семейства.

• Было отобрано 10 последовательностей.
• Выравнивание

Задание 5. Множественное выравнивание типичных представителей с помощью команды mafft.

• Выравнивание

Задание 6. Сравнение выравниваний построенных командами muscle и mafft.

• Различий в вертикальных блоках не так много, т.к. обе команды выдают высокий правдоподобный результат.