Практикум №13

Семейства белковых доменов

Задание 1.

• Для поиска в Pfam был использован мой белок molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein MobA/MobB (YP_422030.1).
• Было найдено два значимых Pfam-A матчей семейств NTP_transf_3 (PF12804) и DUF3305
• Seed выравнивание для NTP_transf_3

Задание 2.

• Консенсусная последовательность блока 1-7 из seed выравнивания
• Logo для того же блока

Задание 4.

• Для этого же блока с помощь logo из Задания 2 были выстроены сильный и слабый паттерны.
• Сильный паттерн: [GA]-[VIL]-[IVL]-L-A-[GA]-G; число найденных последовательностей - 883
• Слабый паттерн: [GAVI]-[VILA]-[IVL]-[LVMI]-[ACSV]-[GAS]-G; число найденных последовательностей - 9182
• Как и следовало ожидать, число находок по сильному патерну намного меньше, чем по слабому.

Проект JalView.