Практикум №10. Выравнивание геномов.
1. Построение карты сходства хромосом двух родственных бактерий.
Для построения были выбраны бактерии Brucella abortus и Brucella ovis.
Рис.1 Карта локального сходства. По оси X - геном Brucela abortus, по оси Y - геном Brucela ovis. Разрывы указывают на делеции в геноме Brucela abortus
2. Описание сходств и различий геномов близкородственных бактерий.
Файл с описанием выбранных последовательностей.Описание g-блоков (синтетичных участков)
Информация по g-блокам из файла blocks.blocks.
- Число блоков - 1 (g4x1269809)
- Находятся на прямой цепи
Описание s-блоков (ядро геномов)
Информация о стабильных сборках была получена из файла pangenome.info
- Число блоков - 108
- Суммарная длинна - 1240151 (процент от длины генома - 98.39%)
- Процент консервативных позиций в объединенном выравнивании s-блоков - 0.999001
Описание повторов на примерах r-блоков
- Блок r22x159 включает 22 повторов. 2 раза в хромосоме штамма Arizona, 6 - Iowa, по 7 - Morgan и R
- Блок r16x225 включает 16 повторов. 1 раз в штамме Arizona, 3 - Iowa, по 6 - Morgan и R
Описание крупных делеций на примерах h-блоков (полустабильных блоков)
- Блок h3x806 указывает на делецию гена 3-гидроксиацил-КоА дегидрогиназы в геноме штамма R
- Блок h3x115 указывает на делецию гена гипотетического белка у штамма Arizona
Рис.2 Участок выравнивания блока h3x806
Рис.3 Участок выравнивания блока h3x115
Уникальных последовательностей не было обнаружено. Скорее всего из-за того, что все 4 генома имеют очень значительное сходство.
Примеры расхождений между аннотациями генов из одного блока
- В блоке s4x477 найдены аннотации NTPазы для штаммов R и Morgana. Для штамма Iowa аннотирован ген NADH-quinone oxidoreductase chain N. И для штамма Arizona ген не аннотирован
Рис.4 Штаммы с анотированным геном (Iowa, Morgan, R) и без (Arizona).