Практикум №15. Сборка de novo.

Задание 1.

• Выделение к-меров - velveth vel 31 -fastq trim3.fastq
• Сборка контигов на основе графа к-меров - velvetg vel
• Получено 156 контигов
• N50=266
• Максимальная длина контига - 15264

Рис.1. Результат работы программ пакета velvet.

Задание 2.

• Создание базы данных blast из последовательности хромосомы - makeblastdb -in chr16.fasta -dbtype nucl
• Запуск blastn - blastn -db chr16.fasta -query vel/contigs.fa -outfmt 7 -out vel.out
• Полученная таблица
• На 1 странице расположены все контиги, на 2 - только те контиги, которые картировались на хромосому единственным образом - таких нашлось 73. Красным выделены те контиги, которые картировались на одно и то же место