Практикум №2. A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1.

А-форма(одна из нитей днк 5 раз повторенная последовательность gatc)

Z-форма(одна из нитей 10 раз повторенная gc последовательность)

Задание 2.

Упр.1

Рис.1 Синий - сахарофосфатный остов ДНК, Красный/Белый - Все нуклеотиды ДНК (белый - нуклеотиды содержащие аденин), Желтые шары - Атом N7 во всех гуанинах.

Упр. 2

Упр. 3

Рис.2 тРНК - разрывов нет

Рис.3 ДНК - разрывов нет

Задание 3.

Упр. 1

Рис. 4 Тимин. Красным цветом выделены атомы, обращенные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.

В сторону большой бороздки обращены атомы: [T]15.C5M, [T]15.C6, [T]15.O4
В сторону малой бороздки обращены атомы: [T]15.N3, [T]15.O2
Остальные атомы основания: [T]15.N1

В сторону большой: [T]15.O2, [T]15.N3
В сторону малой: [T]15.O4, [T]15.C5M, [T]15.C6
Остальные: [T]15.N1

Упр. 2

Таблица 1. Сравненик основных спиральных параметров разных форм ДНК.

	А-форма	В-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28,03	33,75	43,58
Число оснований на виток	11	9	12
Ширина большой бороздки (Å)	18,5	20,58	23,51
Ширина малой бороздки (Å)	9,63	13,2	14,37

Упр. 3

Таблица 2. Торсионные углы в структурах А- и В-форм.

Форма/угол	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
A	-51,7	174,8	41,7	79,1	-147,8	-75,1	-157,2
B	-29,9	136,4	31,1	143,4	-140,8	-160,5	-98

Задание 4. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA.

Упр.1 Определение торсионных углов.

Таблица 1. Торсионные углы в молекуле тРНК из 1I9V.pdb

Таблица 2. Средние значения торсионных углов тРНК

	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
Среднее	-51,0667	72,95455	71,91818	80,59545	-144,278	-74,6556	-150,995

Таблица 3. Средние значения торсионных углов в ДНК 1MDM.pdb

α β γ δ ε ζ χ

Среднее -47,3 0,63 33,4 139,6 -70,2 -95,4 -108,8

Упр. 2. Определение структуры водородных связей.
- 1. Акцепторный стебель состоит из участка 1-7 и комплементарного ему участка 66-72.
  2. Т-стебель состоит из участка 49-52 и комплементарного ему участка 62-65.
  3. D-стебель состоит из участка 10-13 и комплементарного ему участка 22-25.
  4. Антикодоновый стебель состоит из участка 39-43 и комплементарного ему участка 27-31.
- Имеется одна неканоническая пара нуклеотидов тРНК: G4-U69 (в акцепторном стебле).
- Дополнительная водородная связь в тРНК, стабилизирующая ее третичную структуру, находится между основаниями D- и Т-петель: G19-C56.
Упр. 3. Нахождение возможных стекинг-взаимодействий.

Cамое сильное стекинг-взаимодействие находится в Т-петле между парами U54-A58 и С61-G53:

	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
Среднее	-47,3	0,63	33,4	139,6	-70,2	-95,4	-108,8