Учебный сайт Григория Сафронова

Практикум №3. Комплексы ДНК-белок.

Зад.1 Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Упр1 Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных поворотов. Для этого использовалась команла einverted. Результаты и заданные параметры: Gap penalty - 12; Match score - 5; Mismath score - (-4).
Упр.2 Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера. Для этого использовался онлайн сервис - RNAfold web server. Построение структуры осуществлялось по минимальной свободной энергии (параметр Fold algorithms and basic options - minimum free energy only). В результате были найдены все стебли тРНК (точками указаны нуклеотиды, учавствубщие в образовании стеблей):
Рис.1 Предсказанная вторичная структура тРНК

Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК
Участок структуры Позиции в структуре (find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель (5')1-7(3)' (5')66-72(3')
7 пар		 - 7 пар
D-стебель (5')10-13(3')
(5')22-25(3') 4 пары		 - 4 пар
T-стебель (5')49-52(3')
(5')62-65(3') 4 пары		 5 пар 5 пар
Антикодоновый стебель (5')39-43(3')
(5')27-41(3') 5 пар		 5 пар 5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов 20 10 21

Зад.2 Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упр.2:
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 10 4 14
остатками фосфорной кислоты 23 0 23
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 6 3 9
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 5 0 5
Полярных взаимодействий между ДНК и белком намного больше, чем неполярных, особенно с остаткамми фосфорной кислоты. Полярных взаимодействий внутри малой бороздки почти столько же, сколько и в большой, но неполярных взаимодействий внутри большой бороздки больше. Упр. 3
Рис. 2,3,4. Схемы ДНК-белковых взаимодесйтвий.

Упр 4
©Сафронов Григорий