Практикум №6. Прочтение последовательностей по Сэнгеру
1. Получение последовательности фрагмента ДНК по результатам хроматограмм из капиллярного секвенатора.
Проект выравнивания в JalView
Чистая последовательность (fasta)
- Координаты нечитаемых 5' участков для прямой: 1 - 14; 3': 679 - 693;
для обратной: 1 - 18; 678 - 697. - Сигнал значительно превосходит шум
- Трудно сказать, что сила сигнала равномерна, но в целом можно скзаать, что это так.
- Различия в силе сигнала не велики, наиболее сильный - у гуанина
 |
| Рис.1. Участок, на котором хроматограмма читается однозначно на прямой цепи. |
 |
| Рис.2. Уровень шума на обратной цепи достигает силы сигнала. |
 |
| Рис.3. Достаточно сильный шум, для неоднозначного определения. |
 |
| Рис.4. Очень сильный шум на обратной цепи. |
 |
| Рис.5. Недостаточно сильный сигнал на прямой цепи. |
2. Пример нечитаемой хроматограммы.
 |
| Рис.6. Участок нечитаемой хроматограммы из файла WSWS2931_H3_R_E10_2013-06-11-22-39-58.ab1. Видно, что хроматограмму невозможно читать, так как уровень шума часто совпадает с уровнем сигнала, следовательно нельзя понять, является пик сигналом правильного нуклеотида или шумом. |