Практикум №7. Банки нуклеотидных последовательностей.
1. Качество сборки генома Drosophila simulans.
- Число сборок - 11.
- 11 проектов по секвенированию (4 - на стадии хромосом; 3 - скэффолдов; 4 - контигов), 10 образцов.
- Характеристики сборки GCA_000180935.1.
Рис.1. Описание образца (Biosample).
Рис.2. Описание проекта (Bioproject).
- 11605 скэффолдов для той же сборки
- Ссылка на таблицу контигов.
- Скэффолды: N50 - 892727, L50 - 35; контиги: N50 - 7067, L50 - 4985; самый длинный контиг - 66623; самыйй короткий - 50.
- Ссылка на последовательность контига Cont148.10
2. Митохондриальный геном мха Codriophorus laevigatus.
Рис.3. Codriophorus laevigatus
- Запрос в Nucleotide: ((Codriophorus laevigatus[Organism]) AND gene_in_mitochondrion[Properties]) AND complete genome. В результате было найдено 2 записи одного исследования (одна в RefSec, другая в GenBank).
- Всего митохондриом включает 66 генов, из них 39 кодируют белки, 3 - рРНК, 24 - тРНК
- Ссылка на файл со списком генов, отсортированным по началу в геноме.
3. Описание 10 ключей, используемых в таблицах особенностей.
| Ключ (Feature Key ) | Описание | Пример |
| STS | sequence tagged site; короткая неповторяющаяся последовательность, используемая для картирования генома |
STS 1905..2059
/gene="Mapk10" /gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2" /db_xref="UniSTS:224677" |
| polyA_site | Область гена, которая во время процессинга РНК полиаденилируется. | 2792
/gene="Mapk10" /gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2" |
| regulatory | Любая последовательность, участвующая в регуляции транскрипции или трансляции | 2757..2762
/regulatory_class="polyA_signal_sequence" /gene="Mapk10" /gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2" |
| misc_feature | Отстутствующий в каталоге феномен. Редкость или нечто новое. | 540..542
/gene="Mapk10" /gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2" /note="upstream in-frame stop codon" |
| exon | Экзон. Кодирующий участок. | 561..632
/gene="Mapk10" /gene_synonym="C230008H04Rik; JNK3; JNK3B1; JNK3B2; p493F12; p54bSAPK; SAPK(beta); Serk2" /inference="alignment:Splign:1.39.8" |
| misc_binding | Область в геноме, c которой связываются не праймеры и не белки (для них отдельные обозначения). | 2246811..2247004
/note="cobalamin riboswitch; Derived by automated computational analysis using gene prediction method: cmsearch." /bound_moiety="adenosylcobalamin" |
| modified_base | Модифицированное основание | complement(6658)
/note="modified D-C residue" /mod_base=OTHER |
| ncRNA | Ген, кодирующий РНК, неявляющуюся мРНК, тРНК или рРНК | complement(33881..34221)
/ncRNA_class="RNase_P_RNA" /locus_tag="ASL20_RS18900" /product="bacterial RNase P" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: cmsearch." |
| rep_origin | Место, где начинается репликация. | complement(3548..4148)
/note="colE1 ori" /direction=LEFT |