Практикум 1. Что такое филогенетическое дерево.

1. Выбранные бактерии

Название вида Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU
Rhodobacter sphaeroides RHOS4
Erwinia tasmaniensis ERWT9
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pseudotuberculosis YERPS
Vibrio fischeri VIBFM
Escherichia coli ECOLI
Proteus mirabilis PROMH

2. Скобочная формула дерева: ((BRADU, RHOS4), (((((SALTY, ECOLI), ERWT9), YERPS), PROMH), VIBFM))

3. Изображение дерева.

4. Список нетривиальных ветвей:

  1. {BRADU, RHOS4}-{SALTY, ECOLI, ERWT9, YERPS, PROMH, VIBFM}
  2. {SALTY, ECOLI}-{BRADU, RHOS4, ERWT9, YERPS, PROMH, VIBFM}
  3. {SALTY, ECOLI, ERWT9}-{BRADU, RHOS4, YERPS, PROMH, VIBFM}
  4. {SALTY, ECOLI, ERWT9, YERPS}-{BRADU, RHOS4, PROMH, VIBFM}
  5. {SALTY, ECOLI, ERWT9, YERPS, PROMH}-{BRADU, RHOS4, VIBFM}

Реконструкция филогении.

Таксономия выбранных видов бактерий.

Вид (мнемоника) Таксономия
Bradyrhizobium diazoefficiens(BRADU) Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium
Rhodobacter sphaeroides(RHOS4) Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Rhodobacter
Salmonella typhimurium(SALTY) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Escherichia coli(ECOLI) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Erwinia tasmaniensis(ERWT9) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia
Yersinia pseudotuberculosis(YERPS) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Proteus mirabilis(PROMH) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Proteus
Vibrio fischeri(VIBFM) Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Aliivibrio

Соответствие нетривиальных ветвей таксонам:

  1. Ветвь 1 соответсвует разделению на таксон Alphaproteobacteria (BRADU, RHOS4) и всех остальных
  2. Ветвь 5 соответсвует разделению на таксон Enterobacteriales (SALTY, ECOLI, ERWT9, YERPS, PROMH) и всех остальных.

© Сафронов Григорий
На главную