Был выбран метаболизм простых эфиров. Выбрана реакция 2.7.8.2 (покрашена в красный), катализируемая
белками рядов K00994 (30 белка) и K13644 (143 белка).
Рис1. Карта метаболизма простых эфиров.
Рис2. Синтез фосфатидилхолина.
Белки ортологических рядов были выровнены программой Muscle. Стоит отметить, что выравнивание получилось своеобразное, так как
видна граница между рядами, а общие блоки содержат в большинстве своем гидрофобные аминокислоты, совпадение таких аминокислот не очень значимо.
Однако общих блоков много и в них все же встречаются заряженные и полярные аминокислоты.
Что интересно, внутри ряда K00994 можно увидеть две группы белков, весьма различных по последовательности. Проект JalView.
Рис3. Множественное выравнивание белков из ортологических рядов К00994 и К13644.
Было построено дерево при помощи программы Mega методом Neighbor-Joining, со 100 бутстреп-репликами. Ссылка на дерево в формате PDF.
Видно, что ряд K00994 разделился на две группы белков, одна из которых попала в кладу, содержащую белки ряда К13644.
Помимо этого, можно увидеть, что большая часть белков ряда K13644 несет очень мало замен между собой, поэтому их ветви на дереве редуцированы до нулевой или почти нулевой длины.
Многие ветви несут очень маленькую бутстреп-поддержку, такие последовательности похожи на последовательности белков соседних ветвей.
