Мембранные белки.

Задание 1. Анализ множественного выравнивания трансмембранных белков

• Выданный белок: 3QE7_A
• База, по которой велся поиск: UniRef50
• Число находок: 200
• Наименьшее и наибольшое E-value: 0.0; 1.2E-3.6

Множественное выравнивание построено алгоритмом MUSCLE. Из всех находок были удалены слишком короткие и слишком длинные послеовательности. Всего их было около 35.

Рис1. Результат предсказания трансмембранных участков для белка F5Y9C6_TREAZ с помощью сервиса TMHMM.

Рис2. Структура исходного белка (n-сторона наверху). Рисунок слева: Аминокислоты покрашены в соответствии с их гидрофобностью (от гидрофильных - синих, до гидрофобных - красных).Рисунок справа: Окраска по гидрофобности с порогом идентичности 15%.

• Проект JalView
• Не все участки трансмембранных спиралей консервативны
• Гидрофобных участков больше гидрофильных, но консервативных гидрофильных и гидрофобных участков почти одинаковое число.
• Участки между спиралями в основном не консервативны, консервативные нужны, вероятно, для правильной ориентации белка в мембране
• В целом сервис THMHMM сделал почти верное предсказание - границы трансмембранных спиралей указаны почти что точно