Геномное окружение.

Задание 1. Опероны, DOOR.

На сайте DOOR был найден оперон, в который входит выданный ген MG_272

• Организм: Mycoplasma genitalium G37
• Номер оперона: 1723
• Гены в опероне: MG_270(lplA), MG_271(pdhB), MG_272(pdhC)
• названия белков: липоилтрансфераза/липоатпротеинлигаза(lplA), дигидролипоамиддегидрогеназа(pdhD), субъединица E2 дегидрогеназы разветвленных хвостов альфакетокислот(pdhC)

Рис1. Оперон 1723

Задание 2. STRING.

В STRING нашлись все белки из оперона 1723, а так же белки из соседнего оперона 1724 (pdhB, pdhA)

Рис2. Карта связи между белками

Рис3. Геномное окружение белка pdhC. Гомологи окрашены в те же цвета, что и на рисунке 2.

Часто после pdhC следует ген pdhD. lplA встречается намного реже чем pdhA и pdhB, хотя lplA из одного оперона с pdhC Организмы группы ChlamidiaChlamidophila (3 таксона) не содержат ген pdhD. Чаще всего ген pdhA встречается у Leptotrichiaceae group.

Задание 3. Метаболические пути, KEGG.

В бд KEGG белок pdhC входит в метаболический путь гликолиза/гликонеогенеза, а также туда входят pdhA, pdhB, pdhD. Все они входят в состав комплекса, к-рый в митохондриях восстанавливает HAL+

Рис4. Карта гликолиза/глюконеогенезиса.

Сводная таблица

• Идентификатор: MG_272
• Название гена: pdhC
• Организм: Mycoplasma genitalium G37
• Функция белка: Рреобразует дигидролипоевую кислоту и НАД+ в липоевую кислоту и НАДH
• Система KEGG: ko00010
• Номер оперона: 1723
• Белки оперона: pdhC, pdhB, lplA
• Белки найденные через геномное окружение: pdhA, pdhB, pdhD, lplA, fruA, triA, ldh, pta