Gene Ontology.

Задание 1. Отнесение MotA/MotB из организма Magnetospirillum magneticum AMB-1 к терминам GO.

Для выполнения задания был взят белок из первого семестра.
С помощью AmiGO BLAST был проведен поиск белка, наиболее похожего на мой. Лучшая находка Q5LX91 имела следующие параметры:

Организм - Ruegeria pomeroyi DSS-3

Length = 211

Score = 475 (172.3 bits)

Expect = 3.4e-45

P = 3.4e-45

Identities = 102/207 (49%)

Positives = 132/207 (63%)

Со страницы этой находки был совершен переход на страницу 'terms associations', информация оттуда помещена в таблицу 1, значения кодов типов достоверностей приведены в таблице 2.

Таблица 1. Информация о щелочной фосфатазе из Bos taurus в базе GO.

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс Biological process	GO:0006777	Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process	Биосинтетический процесс кофактора молибден-молибдоптерин	ISS
Молекулярная функция molecular function	GO:0003824	catalytic activity	Каталитическая активность	ISS

Таблица 2. Значения кодов типов достоверностей.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or Structural Similarity	Данный код или его субкатегории присваиваются, когда были вручную применены методы, основанные на сиквенсе или структуре. Субкатегории: ISA (Inferred from Sequence Alignment) - основная часть доказательства получена с использованием парного или множественного выравнивания; ISO (Inferred from Sequence Orthology) - основная часть доказательства - это утверждение ортологии между продуктом данного гена и продуктом гена другого организма; ISM (Inferred from Sequence Model) - основная часть доказательства получена с использованием любого метода моделирования сиквенса (например, скрытые модели Маркова).

Задание 2. Описание термина GO.

Был выбран биологический процесс GO:0006777 - Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process (биосинтетический процесс кофактора молибден-молибдоптерин). Его описание приведено в таблице 3.

Таблица 3. Таблица с основной информацией о процессе GO:0006777.

Свойство	Значение
Идентификатор (Accession)	GO:0006777
Название (Name)	Биосинтетический процесс кофактора молибден-молибдоптерин (Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process)
Аспект онтологии (Ontology)	Биологический процесс (Biological Process)
Синонимы (Synonyms)	exact: Mo-molybdopterin cofactor anabolism (точный: анаболизм кофактора молибден-молибдоптерин) exact: Mo-molybdopterin cofactor biosynthesis (точный: биосинтез кофактора молибден-молибдоптерин) exact: Mo-molybdopterin cofactor formation (точный: формация кофактора молибден-молибдоптерин) exact: Mo-molybdopterin cofactor synthesis (точный: синтез кофактора молибден-молибдоптерин) exact: Moco biosynthesis (точный: биосинтез моко) exact: Moco biosynthetic process (точный: биосинтетический процесс моко) related: molybdenum cofactor biosynthetic process (связанный: биосинтетический процесс молибденового кофактора)
Определение (Definition)	Химические реакции и пути, имеющие результатом формацию молибден-молибдоптеринового кофактора, необходимого для каталитической активности некоторых ферментов. Кофактор состоит из иона молибдена, координированного одним или двумя молибдоптериновыми лигандами. Source: ISSN:09498257, PMID:22370186, PMID:23201473, http://www.sunysb.edu/biochem/BIOCHEM/facultypages/schindelin/
Комментарий (Comment)	None
Число родителей (из них - логически определённых)	31 (24)
Число потомков (из них - логически определённых)	3 (0)

На Рис.1 визуализированы отношения данного термина к его родителям. Получено из вкладки Graph View.

Рис.1. Отношения термина GO:0006777 с родительскими терминами. Черные стрелки показывают отношения сорта "is a".

Кроме этого, цветные прямоугольники обозначают отнесение термина к подгруппе (она может отражать, например, на каком организме показан процесс).

Данные, предоставляемые сервисом GO, как правило, являются корректными, но и тривиальными. Однако полезность такой системы заключается в том, что она позволяет упорядочить и структурировать большое количество данных.

На главную