Восстановление кристалла из PDB файла

Кристаллографические характеристики структуры из 1e5k:

• Длины веторов a, b, c, состовляющие элементарную ячейку - 76,574; 41,758; 54,528
• Все углы между ними по 90 градусов
• Тип симметрии кристалла - P 21 21 2
• В элементарной ячейке 4 молекулы

Рис.1 Изображение исходной структуры 1e5k (surface) и соседних ячеек кристала (cartoon).

Далее представлены водородные связи (не длинее 3,5Å) между молекулами разных ячеек

Рис.2 Водородные связи между ближайшими цепями

Сам белок является мономером и в природе не образует белковые комплексы. Скорее всего водородные связи образуются при кристаллизации.

ДНК-белковый комплекс

Выбрана структура 3hdd. Структура кажется странной из-за свисающей белковый цепи с ДНК.

Рис.3 ДНК-белковый комплекс 3hdd

Но если восстановить соседние ячейки кристалла, то можно предположить, что сайт связывания оказался на стыке элементарных ячеек.

Примеры PDB-файлов с несовпадением ассиметрической и биологической единиц

Первый пример: 5h63. Биологическая единица белка - мономер, а ассиметрическая ячейка включает две цепи

Рис.4 Структура 5h63

Второй пример: 5wbx. Биологическая единица белка - димер, а ассиметрическая ячейка включает только одну

Рис.5 Структура 5wbx